Joseph Küffner (* 31. März 1776 in Würzburg; † 9. September 1856 ebenda) war ein deutscher Musiker und Komponist.
Joseph war das fünfte Kind der fränkischen Musikerfamilie Küffner. Vater Wilhelm war Hofmusiker und Komponist am Würzburger Hof, Mutter Katharina die Tochter des Hof-Kapellmeisters Johann Franz Georg Wassmuth. Beide starben recht früh. Joseph musste deshalb für sich und seine beiden jüngeren Geschwister sorgen. Seinen Lebensunterhalt verdiente er als Hilfsmusiker, Violinist und Gitarrist im fürstbischöflichen Hoforchester. Dort trat er auch als Solist auf.
Autodidaktisch erlernte er viele Instrumente. 1798 sollte er für den Fürstbischof Georg Karl von Fechenbach eine Reform der Würzburger Militärmusik durchführen. Mit der Säkularisation des Hochstifts Würzburg 1803 und seiner Einverleibung in das Königreich Bayern verlor er vorübergehend seinen Posten als Hofmusiker. Küffner bewarb sich mit Erfolg um die Anstellung als Musiklehrer beim Kurfürstlich Bayerischen Leichten Infanterie-Bataillon „La Motte“ und bildete die Militärmusiker aus. Er komponierte fortan Militärmusik und arrangierte verschiedene Werke für Blasorchester.
Küffner komponierte über 360 Werke, davon 36 für Militärmusik.